La seguridad de la leche en el contexto de la salud de la población consumidora es función de los recuentos de células somáticas, residuos de pesticidas sintéticas, residuos de productos veterinarios, presencia de patógenos en la leche y la higiene en la gestión, particularmente en el ordeño. El modelo agroecológico aboga por el no empleo de los pesticidas sintéticos y la minimización de los productos veterinarios convencionales, procurando eliminar así cualquier presencia de estos dos elementos en la leche. Los recuentos de células somáticas, relacionados fundamentalmente con procesos de mamitis, disminuyen con el pastoreo, el menor estrés inducido en la vaca al reducir la alimentación en base a concentrados y la buena higiene de la práctica ganadera, todos elementos de la ganadería en el modelo agroecológico. Cabe decir que no interesa un nivel muy reducido o cero de células somáticas y su presencia en las cantidades apropiadas indica el buen funcionamiento de las defensas de la vaca.

Por su parte, el valor nutricional de la leche para las personas consumidoras está estrechamente relacionado con el modelo de ganadería practicado. La calidad nutricional de la leche varia como resultado de cambios en los niveles de grasas, particularmente de las grasas no saturadas (incluyendo el ácido linoleico conjugado – o omega 6 - y la omega 3) y saturadas, la proteína, las vitaminas y los antioxidantes. Las vacas lecheras que obtienen una parte significativa de su ración diaria de materia seca del pastoreo, producen leche con mayores contenidos en nutrientes y, particularmente, niveles más altos de grasas no saturadas, saludables para el corazón. Es más, la omega 3 y la omega 6, dos grasas no saturadas están en mejor equilibrio (y así se nutren mejor a los seres humanos) cuando la leche viene de vacas que pastan (una relación que no sobrepasa el 4/1 de omega 6 a omega 3). Los niveles de nutrientes en la leche se disminuyen en las granjas en que las vacas se explotan más allá de su potencial genético, las vacas tienen demasiada omega 6 en relación con la omega 3 y tienen un mayor porcentaje de grasas saturadas.

De todos modos, al igual que en el caso de la nutrición de las propias vacas hay que conocer la biodisponibilidad de los diferentes nutrientes presentes en las plantas para las vacas, también hay que conocer la biodisponibilidad de los diferentes nutrientes de la leche para el ser humano.

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